生物菌肥的作用，是由活菌决定的，活菌通过自己的活动，分解土壤中的营养物质变成植物可以吸收的养分，分泌一些对植物生长有用的物质，也有有效菌死去之后留下的物质。

具体每一种活性菌都有自己主要的作用，不是一种菌就具备所有的作用，

一、对土壤的作用。

1. 可以增加营养元素的有效含量、减少化肥施用，增加有机肥效果。

2. 植物无机态的营养就是一些离子，化肥溶于水由分子态变成离子态，植物好吸收，因为它带电荷，利于植物吸附。

3. 有机态的营养是好多原子在一起组成的大分子，不太容易被吸收，菌肥的作用是把有机态的氮磷钾变成无机态的，利于植物吸收。

二、对植物的作用。

1. 帮助植物吸收营养、帮助植物生长、增加植物抗逆性、让植物长得好。

2. 菌根菌剂，主要是VA菌根，也叫从枝状菌根，它们也是跟植物根系在一起的，但是不像根瘤菌，他们把根插到植物根里，自己再长出一些根毛样的东西，协助植物吸收养分。

3. 它不是特别认植物，能跟大部分的植物结合，在果树上用的比较多。

三、对有害微生物的作用。

1. 防治有害生物，增加抗病性。

2. 连作会有土传病害，这些病菌能在土里活1--2年甚至10年8年，重茬长不好，跟这个关系特别大。

3. 放线菌会产生抗生类的东西把微生物杀死，可以有效保护植物的根。

4. 放线菌还会产生一些物质，提醒根系它的周围有危险，让植物产生茉莉酸之类的物质抵抗有害菌。一方面把有害菌杀死了，另一当面还让植物自己提高抵抗力。

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